കൂടിയാട്ടം അഭ്യസിച്ച വിജാതിയർക്കും കൂത്തമ്പലങ്ങളിൽ പ്രവേശനം നൽകണമെന്ന വിവാദത്തിന്റെ തുടർച്ചയായി ഇരിങ്ങാലക്കുട അമ്മന്നൂർ ചാച്ചു ചാക്യാർ സ്മാരക ഗുരുകുലത്തിന്റെ കുലപതിയും ഡയറക്ടറുമായിരുന്ന വേണുജി സ്ഥാനമാനങ്ങളും ഗുരുകുലത്തിലെ അംഗത്വവും രാജിവച്ചു.

1982 ൽ ഗുരു അമ്മന്നൂർ മാധവചാക്യാരുമൊന്നിച്ച് ഗുരുകുലത്തിന്റെ മുഖ്യസ്ഥാപകരിൽ അവശേഷിക്കുന്ന ഏക വ്യക്തിയായ വേണുജിയെ ആജീവനാന്ത സെക്രട്ടറിയായി തെരഞ്ഞെടുത്തിരുന്നു. 29 കൊല്ലം വേതനമില്ലാതെ സേവനമനുഷ്ഠിച്ച് സെക്രട്ടറി സ്ഥാനമൊഴിഞ്ഞ വേണുജി ഗുരുകുല കലാകാരന്മാരുടെ ജനറൽ കൗൺസിലിന് അധികാരം കൈമാറുകയായിരുന്നു. കലാപരമായ മേൽനോട്ടം മാത്രം ചുമതലയുള്ള 'കുലപതി' സ്ഥാനം നൽകി ഗുരുകുലത്തിലെ കലാകാരന്മാർ അദ്ദേഹത്തെ ആദരിക്കുകയുണ്ടായി.

വേണുജിക്കു പിന്നാലെ കൂടിയാട്ടം കലാകാരിയും വേണുജിയുടെ മകളുമായ കപിലയും ഗുരുകുലത്തിൽ നിന്നും രാജിവച്ചിട്ടുണ്ട്.